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[Icône R 3.0] Que fait PCOORD ?

Ce programme produit une ordination en espace réduit par la méthode des coordonnées principales (Gower, 1966). Comme l'analyse en composantes principales, cette méthode réalise un cadrage multidimensionnel métrique. Cependant, les calculs sont effectués à partir d'une matrice de similarités ou de distances plutôt qu'à partir d'un tableau de données brutes; tel est également le cas avec les méthodes de cadrage multidimensionnel non-métrique ("nonmetric multidimensional scaling" en anglais). Chaque distance d est d'abord transformée en une nouvelle distance d' = -d^2/2 avant d'effectuer un centrage par la formule alpha = d' - d'bar i - d'bar j + d'bar où d'bar< i et d'bar< j sont respectivement la moyenne de la ligne i et de la colonne j dans la matrice de distances d', alors que d'bar est la moyenne de toutes les valeurs de la matrice.Les nouvelles coordonnées des objets dans l'espace réduit sont les vecteurs propres de cette matrice centrée, après normalisation à la racine carrée de leur valeur propre. Il n'y a en principe pas de limite quant à la taille des matrices de ressemblance qui peuvent être traitées par la version Macintosh du programme. Le programme occupe tout l'espace mémoire (RAM) qui lui est disponible, si bien que la taille des matrices que le programme peut traiter en pratique sera une fonction, non seulement de la taille de la mémoire disponible dans la machine, mais également de l'utilisation simultanée de MultiFinder, d'une mémoire-cache ou d'autres programmes.

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