Aller à:

Documents et logiciels en distribution libre
Le Progiciel R / The R Package
CCA Bibliography 86-96
Lexique anglais-français d'écologie numérique et de statistique



Valid HTML 3.2!

Haut | English Version | Carte du site | Commentaires |

Congruence de plusieurs matrices de distance

Pierre Legendre
April 2001
Département de Sciences Biologiques
Université de Montréal

Que fait le programme CADM?

Ce programme réalise un test de congruence entre plusieurs matrices de distance; ce test est basé sur la statistique W de Kendall. Il permet de réaliser une étude préliminaire de plusieurs tableaux de données que l'on désire utiliser ensemble dans une analyse phylogénétique ou un autre type d'analyse multivariable. La méthode est décrite en détail dans Legendre & Lapointe (2003). Principe du test (H0: Incongruence de toutes les matrices):
  1. Lire les matrices de distance et les écrire dans les lignes d'un tableau sous forme dépliée.
  2. Transformer les distances de chaque matrice en rangs.
  3. Calculer le coefficient de concordance W de Kendall.
  4. Permuter chaque matrice à la façon du test de Mantel et calculer W*.
  5. Répéter l'étape 4 un grand nombre de fois.
  6. Ajouter W à la distribution des valeurs W*, puis calculer la probabilité permutationnelle associée à W.
Le test CADM global est suivi de tests particuliers dans lesquels chacune des matrices de distance, à tour de rôle, est permutée (H0: Cette matrice de distance est incongruente avec les autres matrices). Des tests de Mantel complémentaires, calculés sur les distances transformées en rangs, sont aussi produits. L'utilisateur peut demander au programme de calculer seulement les tests de congruence, seulement les tests de Mantel, ou les deux types de tests: 
(1) Calculer et tester la congruence seulement
(2) Calculer et tester Mantel sur les rangs seulement
(3) Congruence et Mantel
On peut demander des nombres de permutations différents pour les deux types de test. Le programme permet de traiter des matrices de distance asymétriques. Ce traitement n'est utilisé que si l'une des matrices demeure asymétrique, i.e., n'est pas transformée en matrice symétrique par le programme.

Disponibilité des programmes

Version Macintosh
Fichier compressé et binhexé comprenant:
  • Code-source Fortran
  • Applications compilées pour ordinateurs Macintosh avec processeurs 680x0, 680x0 + FPU, ou PowerPC
  • Documentation, en format Adobe Acrobat
Version DOS 32-bits
Fichier compressé comprenant:
  • Code-source Fortran
  • Applications compilées pour DOS 32 bits (Windows 95 ou NT)
  • Documentation, en format Adobe Acrobat
Le programme peut gérer jusqu'à 20 matrices de 120 objets, et requiert 5.6Mo de mémoire vive (RAM) pour fonctionner. Le code-source peut être compilé à l'aide de tout compilateur Fortran. L'usager peut modifier les paramètres au début du programme, qui déterminent la taille maximale des matrices (nmax = nombre maximum d'observations, matmax = nombre maximum de matrices de distance). Si vous n'avez pas accès un compilateur Fortran, il nous fera plaisir de vous aider.

Référence

Legendre, P. & F.-J. Lapointe. 2004. Assessing the congruence among distance matrices: single malt Scotch whiskies revisited. Australian and New Zealand Journal of Statistics 46: 615-629.

Modifié le Dimanche 01 août 2010 par Philippe Casgrain
Créé le Mardi 10 avril 2001