Corrélations de Pearson permutées

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Le Progiciel R / The R Package

CCA Bibliography 86-96

Lexique anglais-français d'écologie numérique et de statistique

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Pierre Legendre
Décembre 2000
Département de Sciences Biologiques
Université de Montréal
Ce programme calcule une matrice de corrélations linéaires de Pearson entre variables et teste les coefficients de corrélation par permutation des données de l'une des deux variables de chaque paire. La théorie de ce type de test est exposée, par exemple, dans Legendre & Legendre (1998, section 1.2). Fichier d'entrée: les objets forment les lignes de ce fichier alors que les variables en forment les colonnes. Cette version du programme est dimensionnée pour 1000 objets et 101 variables. Il y a trois fichiers de sortie: Le fichier 'Correlation.out' contient la matrice carrée des corrélations. Le fichier 'Prob.out' contient la matrice carrée des probabilités permutationnelles. Le fichier 'CorrProb.out' contient les corrélations ainsi que les probabilités. Voici un exemple de fichier 'CorrProb.out' pour la corrélation entre 5 variables composées de valeurs tirées au hasard d'une distribution normale. La matrice de corrélation est de format (5 x 5); elle contient des 1.00000 sur la diagonale. En dessous de chaque corrélation se trouve la probabilité permutationnelle correspondante. Les probabilités diagonales (0.0000) n'ont pas été calculées puisqu'il s'agit de valeurs triviales, sans intérêt.


 Matrice carrée des corrélations. Pour chaque corrélation:
 ligne 1 = corrélation,  ligne 2 = probabilité (   999 permutations)

  1.00000  0.11873  0.00299  0.04744  0.24603
   0.0000   0.3900   1.0000   0.6900   0.1000 

  0.11873  1.00000  0.24107  0.05241  0.09498
   0.3900   0.0000   0.1200   0.7400   0.5600 

  0.00299  0.24107  1.00000  0.28926 -0.02828
   1.0000   0.1200   0.0000   0.0500   0.8800 

  0.04744  0.05241  0.28926  1.00000  0.01057
   0.6900   0.7400   0.0500   0.0000   0.9500 

  0.24603  0.09498 -0.02828  0.01057  1.00000
   0.1000   0.5600   0.8800   0.9500   0.0000

Si besoin est, on pourra transférer les fichiers de sortie à un tableur et ajouter des identificateurs aux lignes et aux colonnes.

Disponibilité des programmes

Version Macintosh
- Fichier-source Fortran pour Macintosh
- Programme compilé pour tout Macintosh
- Fichiers d'exemple
Version DOS 32 bits (Ce programme DOS requiert un environnement 32-bit, soit une séance DOS sous Windows 95/98/NT)
- Fichier-source Fortran pour DOS
- Programme compilé pour DOS 32 bits
- Fichiers d'exemple

D'autres versions peuvent être demandées si vous n'avez pas accès à un compilateur Fortran. Référence:

Legendre, P. & Legendre, L. 1998. Numerical Ecology, 2nd English edition. Elsevier Science BV, Amsterdam. xv + 853 pages.