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Le Progiciel R / The R Package
CCA Bibliography 86-96
Lexique anglais-français d'écologie numérique et de statistique
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NesAnova
Manova hiérarchique par analyse canonique
Pierre LegendreJuin 2002
Département de Sciences Biologiques
Université de Montréal
Ce programme réalise une analyse de variance multivariable (manova) hiérarchique, à l’aide de l’analyse canonique de redondance, pour 2 ou 3 facteurs, soit un facteur principal ainsi qu’un ou deux facteurs emboîtés. Les tests de signification sont réalisés par permutation. S’il n’y a qu’un seul facteur, le programme réalise une manova simple avec test par permutation. Le tableau-réponse peut ne contenir qu’une seule variable; il peut aussi s’agir d’un tableau multivariable. Ce programme a d’abord été écrit pour permettre de réaliser l’analyse de variance hiérarchique pour des tableaux décrivant la composition de communautés biologiques (tableaux de présence-absence ou d’abondance d’espèces). On dispose de trois possibilités face à de telles données:
- Si le tableau de données contient peu de zéros, les abondances d’espèces peuvent être analysées sans être transformées. Cette situation se présente rarement puisque les données de composition de communautés sont habituellement obtenues par échantillonnage le long de gradients, naturels ou expérimentaux, visant à maximiser la variance observée, si bien que les espèces qui ont une distribution unimodale le long du ou des gradients (c’est-à-dire un optimum d’abondance) sont habituellement représentées dans le tableau par de nombreux zéros.
- Dans la plupart des cas, on transforme les données de composition des communautés (présence-absence ou abondance) d’une façon ou d’une autre. On peut employer, par exemple, l’une des transformations proposées par Legendre & Gallagher (2001); ces transformations sont disponibles dans le programme.
- On peut aussi calculer une matrice de distances écologiques (D) entre les sites à partir des données de composition de la communauté. Pour les données de présence-absence d’espèces, on utilise souvent le complément de l’indice de Jaccard ou de Sørensen. Pour les données d’abondance, les écologistes emploient souvent l’indice de Steinhaus/Odum/Bray-Curtis. Une analyse en coordonnées principales de cette matrice D produit un nouveau tableau rectangulaire de données qui devient le nouveau tableau de données soumis à l’analyse de variance (Legendre & Anderson 1999).
Disponibilité du programme
- Version Macintosh (pré-OSX)
- Fichier-source Fortran77 pour le compilateur Fortran Macintosh Language Systems (fichier “NesAnova.f”). L'utilisateur peut modifier les paramètres ("Parameter") au début du programme, qui fixent la taille maximale des tableaux de données pouvant être analysés.
- Programme compilé pour tout Macintosh équipé d’un système antérieur à OS X.
- Documentation en format Adobe Acrobat.
- Fichiers d'exemples.
- Version MacOSX (Unix)
- Version DOS 32 bits (Ce programme DOS requiert un environnement 32-bit, soit une séance DOS sous Windows Windows 95/98/Me ou Windows NT/2000/XP.)
Legendre, P. & M. J. Anderson. 1999. Distance-based redundancy analysis: testing multi-species responses in multi-factorial ecological experiments. Ecological Monographs 69 (1): 1-24. Legendre, P. and E. Gallagher. 2001. Ecologically meaningful transformations for ordination of species data. Oecologia 129: 271-280. (Reprint available, © 2001 "Springer-Verlag". The original publication is available on http://link.springer.de/)