Université de Montréal

Université de Montréal
Département des Sciences Biologiques
C.P. 6128 succ. "Centre-Ville",
Montréal, Québec, Canada H3C 3J7
* English version
* Numerical Ecology
* Fonctions R
* BIO 2041: Biostatistique I
* BIO 6077: Analyse quantitative des données biologiques
* Tirés à parts / Reprints

* Logiciels et Jeux de Données / Computer Programs and Datasets
* Le personnel du département

Pierre Legendre

Statut:
Téléphone:

Courriel:
  		Professeur Titulaire
Bureau: (514) 343-7591

Pierre.Legendre@umontreal.ca
Officier de l'Ordre national du Québec
Prix du Québec - Prix Marie-Victorin 2005
ISI Highly Cited Researcher in Ecology/Environment

Prix 2011 d'excellence en enseignement 		 Photo de Pierre Legendre

Numerical ecology with R

Vient de paraître en janvier 2011

Auteurs: Daniel Borcard, François Gillet et Pierre Legendre
Maison d'édition: Springer, collection "Use R!"
ISBN 978-1-4419-7975-9
e-ISBN 978-1-4419-7976-6

Article Forum sur ce nouveau livre

Numerical Ecology

Legendre, Pierre & Louis Legendre. 1998. Numerical ecology. 2nd English edition. Elsevier Science BV, Amsterdam. xv + 853 pages.
ISBN 0-444-89249-4 (Hardbound Edition) — US$137 — Euro 137
ISBN 0-444-89250-8 (Paperback Edition, 2nd reprint 2003) — US$ 67 — Euro 67

Membres du labo

Photo

De gauche à droite: Daniel Borcard, Pierre Legendre, Pedro Peres-Neto et Stéphane Dray.
Photo: Bernard Lambert, Direction des communications, Université de Montréal.
  • Charleyne Bachraty (charleyne.bachraty@umontreal.ca), étudiante au doctorat
  • Guillaume Blanchet (Guillaume.Blanchet.1@umontreal.ca), étudiant à la Maîtrise
  • Daniel Borcard (daniel.borcard@umontreal.ca), chercheur sénior
  • Philippe Casgrain (casgrain@exchange.umontreal.ca), bio-informaticien
  • Miquel de Caceres (miquel.de.caceres.ainsa@umontreal.ca), chercheur postdoctoral
  • Stéphane Dray (dray@biomserv.univ-lyon1.fr), chercheur au CNRS, Université Lyon I
  • Elaine Hooper (elaine.hooper@yale.edu), étudiante au doctorat
  • Marie-Hélène Ouellette (marie-helene.ouellette@umontreal.ca), étudiante au doctorat
  • Pedro Peres-Neto (peres-neto.pedro@uqam.ca), professeur à l'UQAM

    Cours

    Fonctions en langage R
  • Analyse canonique de redondance (ACR)
    • rdaTest (P. Legendre et S. Durand): Bibliothèque R pour l'analyse canonique de redondance (ACR) simple et partielle avec tests par permutation et la production des graphiques de triple projection. Des versions plus anciennes de ces fonctions se trouvent également dans la bibliothèque sonarX disponible sur la page http://esapubs.org/archive/ de l'ESA, à l'intérieur de "Ecological Archives A016-047-S1". Bibliothèque R modifiée le 30 novembre 2011.
      • Bibliothèque rdaTest , code-source multiplateforme (2.14, support namespace)
      • Bibliothèque rdaTest pour Windows (testée sous R 2.11)
      • Bibliothèque rdaTest pour Windows (version plus ancienne)
      • Bibliothèque rdaTest pour Mac (version plus ancienne)
    • AdjustedRsquare.R (P. Legendre): Cette fonction calcule le R-carré ajusté pour deux types de régression.
  • Analyse canonique des correspondances (ACC)
    • CCA (P. Legendre): Fonction d'analyse canonique des correspondances qui sert de démontration de l'algorithme décrit à la sous-section 11.2.1 de Legendre and Legendre (1998).
  • Anova et tests t
    • anova.1way.R (P. Legendre): Analyse de variance à un facteur avec test par permutations.
    • anova.2way.R (P. Legendre): Analyse de variance à deux facteurs croisés (plan équilibré) avec tests par permutations: modèles I, II et III.
    • anova.2way.unbalanced.R (P. Legendre): analyse de variance multivariable (par RDA) pour plan équilibré ou non équilibré et deux facteurs croisés fixes; tests par permutation.
    • anova.3way.R (P. Legendre): Analyse de variance à trois facteurs croisés (facteurs fixes, plan équilibré) avec tests par permutations.
    • nest.anova.perm.R (D. Borcard and P. Legendre): Analyse de variance hiérarchique à deux facteurs (plan équilibré) avec tests par permutations.
    • t.perm.R (P. Legendre): test t pour données indépendantes avec test par permutations.
    • t.paired.perm.R (P. Legendre): test t pour données appariées avec test par permutations.
  • bgdispersal (P. Legendre): Coefficients de direction de la dispersion biogéographique. Incorporé dans la bibliothèque vegan.

  • broken.stick.R (P. Legendre): Calcule les valeurs attendues (espérances) de la distribution du bâton brisé.

  • CADM: (P. Legendre): Concordance entre plusieurs matrices de distance. Cette fonction est maintenant intégrée à la bibliothèque d'analyse phylogénétique ape.
  • cascadeKM (S. Durand, M.-H. Ouellette et P. Legendre): Enveloppe de la fonction kmeans pour le partitionnement par la méthode des K centroïdes (K-means). cascadeKM crée plusieurs partitions qui forment une cascade allant d'un petit nombre à un plus grand nombre de groupes. Incorporé dans la bibliothèque vegan.
    Distribué également par l'ESA sur la page http://esapubs.org/archive/appl/A016/047/: cascadeKM fait partie du répertoire "Ecological Archives A016-047-S1".

  • CCorA (P. Legendre): Analyse des corrélations canoniques simples et partielles, Y <-> X1/X2. Une version de cette fonction qui calcule l'analyse des corrélations canoniques simple se trouve dans la bibliothèque vegan.

  • const.clust (P. Legendre): Bibliothèque qui réalise le groupement agglomératif avec contrainte de contiguïté spatiale ou temporelle pour une matrice de distances calculée à partir de données multivariables. Les différentes solutions sont testées par validation croisée. Les résultats du groupement sont présentés sous forme de cartes. Bibliothèque R modifiée le 30 novembre 2011.
  • corPerm.R (P. Legendre): Trois fonctions permettant de tester la signification du coefficient de corrélation de Pearson par permutation.

  • dagnelie.test.R (D. Borcard, P. Legendre): Test de multinormalité de Pierre Dagnelie.
  • Diversité fonctionnelle: bibliothèque FD (Étienne Laliberté)
  • Espèces indicatrices / diagnostiques: bibliothèque 'indicspecies' (section "Software")

  • Fonctions géographiques PCNM, MEM et AEM
    • Bibliothèque PCNM: analyse spatiale PCNM et analyse en coordonnées principales. Cette bibliothèque utilise des ressources des bibliothèque AEM et packfor disponibles à la même adresse, de même que des ressources des bibliothèques vegan, ade4 et spdep disponibles sur le CRAN.
    • Bibliothèque spacemakeR: analyse spatiale par vecteurs propres MEM (S. Dray).
    • Bibliothèque AEM: analyse de réponses à des processus spatiaux directionnels par vecteurs propres AEM (G. Blanchet).
  • fourthcorner (S. Dray): Analyse du quatrième coin.

  • Kendall.W: Associations d'espèces par analyse de la concordance de Kendall. Les fonction kendall.global() et kendall.post() formant cette bibliothèque sont maintenant intégrée à la bibliothèque vegan d'analyse des communautés.

  • manova.2way.unbalanced.R (P. Legendre): analyse de variance pour données univariables ou multivariables, deux facteurs fixes croisés, plan équilibré ou non.

  • manovRDa.R (E. Laliberté): Manova par RDA pour deux facteurs croisés, fixes ou aléatoires.

  • mantel.correlog (P. Legendre): Bibliothèque pour calculer un corrélogramme multivariable de Mantel. Cette fonction est maintenant intégrée à la bibliothèque vegan d'analyse des communautés.
  • Ordinations simples
    • PCA (P. Legendre): Analyse en composantes principales (ACP).

    • CA (P. Legendre): Analyse factorielle des correspondances (AFC).

  • parafit (P. Legendre): Bibliothèque pour tester la co-évolution hôte-parasite. Cette fonction est maintenant intégrée à la bibliothèque d'analyse phylogénétique ape.

  • Periodograph (P. Legendre): Périodogramme de contingence

  • Régression linéaire
    • multRegress.R (P. Legendre): Cette fonction calcule la régression multiple et teste le coefficient de determination (R-carré) par permutation.
    • lmodel2 (P. Legendre): Bibliothèque pour le calcul de la régression linéaire simple de modèle II par les moindres carrés ordinaires (MCO), l'axe majeur (AM), l'axe majeur réduit (AMR) et l'axe majeur des données cadrées (AMDC). Disponible sur la page du CRAN.
    • lmorigin (P. Legendre): Bibliothèque pour le calcul de la régression linéaire multiple avec tests par permutations. Le programme inclut la régression par l'origine à utiliser en particulier pour l'analyse des données de constrastes indépendants. Cette fonction est maintenant intégrée à la bibliothèque d'analyse phylogénétique ape.
  • Sélection progressive des variables explicatives en régression et en analyse canonique de redondance (ACR)
    • packfor (S. Dray, P. Legendre et G. Blanchet): Bibliothèque compilée contenant les fonctions "forward.sel" et "forward.sel.par".
  • seriation.R (P. Legendre et S. Durand ): Méthode de sériation de Beum & Brundage (1950) pour matrices de ressemblance non symétriques ou symétriques.

  • sonarX (S. Durand et P. Legendre): Extraction et l'analyse de signaux sonar mono-faisceaux pour la détection et la cartographie des habitats benthiques. Bibliothèque distribuée par l'ESA sur la page http://esapubs.org/archive/appl/A016/047/: sonarX fait partie du répertoire "Ecological Archives A016-047-S1".

  • Sidak.R (P. Legendre): Corrections de Bonferroni et de Sidak pour les tests multiples.

  • STI test de l'interaction espace-temps dans un plan d'échantillonnage sans répétition: bibliothèque distribuée sur la page des programmes de Miquel De Cáceres à l'adresse http://sites.google.com/site/miqueldecaceres/software

  • varpart (P. Legendre): Partition de la variation d'un tableau-réponse Y en fonction de 2, 3 ou 4 tableaux de variables explicatives. Incorporé dans la bibliothèque vegan.

  • Ten years of vegan (Jari Oksanen): La petite histoire du développement de la bibliothèque vegan avant et depuis sa publication sur le CRAN le 6 septembre 2001.

    Programmes Fortran et Pascal

  • Adjusted P-values: Calcul d'ajustements à une liste de probabilités
    • Mis à jour le 16/01/02
  • Congruence entre matrices de distance
    • Mis à jour le 03/09/07
  • DistPCoA: Analyse en coordonnées principales avec correction pour valeurs propres négatives
    • Mis à jour le 08/12/02
  • Distance topologique de Robinson & Foulds: Calcul rapide de la distance de Robinson & Foulds entre deux arbres additifs
    • Mis à jour le 01/08/10
  • IndVal: Espèces indicatrices, avec test de signification
  • K-Means: Méthode de partition des moindres carrés
    • Mis à jour le 01/01/04
  • Kendall_W: Associations d’espèces par analyse de la concordance de Kendall Nouveau!
    • Mis à jour le 01/08/10
  • Matrice de corrélation de Pearson avec test par permutations
    • Mis à jour le 01/08/10
  • NesAnova: Manova hiérarchique par analyse canonique
    • Mis à jour le 12/08/02
  • Optimal Variable Weighting (OVW): Calcul du poids des variables pour un groupement ultramétrique ou additif optimal selon la méthode de De Soete
    • Mis à jour le 01/08/10
  • ParaFit: Test de co-évolution hôte-parasite
    • Mis à jour le 01/08/10
  • Permute!: Régression multiple sur matrices de distance, ultramétriques et additives avec test par permutations
    • Mis à jour le 16/03/09
  • Le Progiciel R: analyses multidimensionnelles et spatiales Nouveau!
    • Mis à jour le 05/06/04
  • The Q Package: analyses multidimensionnelles et spatiales
    • Mis à jour le 10/11/08
  • RdaCca: Analyse de redondance et analyse canonique des correspondances
    • Mis à jour le 01/08/10
  • RdaCca Polynomiale: Version polynomiale et linéaire du programme RdaCca.
    • Mis à jour le 01/08/10
  • Régression de modèle II: Axe majeur, axe majeur réduit et moindres carrés ordinaires
    • Mis à jour le 25/03/02
  • Régression multiple: Calcul de régression linéaire multiple, avec tests par permutations. Le programme inclut la régression par l'origine.
    • Mis à jour le 17/05/09
  • SpaceMaker 2: Production de variables spatiales pour analyse de tendances (polynômes) et multi-échelle (PCNM)
    • Mis à jour le 01/08/10
  • T-REX: (Tree and Reticulogram Reconstruction) Reconstruction d'arbres à partir de matrices de dissimilarités

  • Test t d'un coefficient de corrélation de Pearson corrigé pour l'autocorrélation spatiale
    • Mis à jour le 01/08/10
  • Test d'homogénéité des variances d'une variable
    • Mis à jour le 13/03/00
  • Transformation & Species Scores: Transformation de données de fréquences pour ordinations
    • Mis à jour le 17/12/04
  • Le 4ième coin
    • Mis à jour le 01/08/10

    Bases de données

  • Données d'araignées chasseuses des Pays-Bas
  • Données de classification des Scotch whiskies
    • Mis à jour le 16/11/03
  • Données sur les Oribates
    • Mis à jour le 26/04/08
  • Les poissons du transect de Tiahura
    • Mis à jour le 01/08/10

    Autres documents

  • Entrevue avec Louis et Pierre Legendre
    • Mis à jour le 12/07/03
  • Lexique anglais-français d'écologie numérique et de statistique
    • Mis à jour le 24/01/08

  • Diagramme de double projection - Guide

    Programmes produits par d'autres chercheurs

  • Langage R
  • Programmes de J. Oksanen: vegan (bibliothèque R); autres programmes
  • Programmes de Stéphane Dray
  • Programmes de Marti Anderson
  • Cajo ter Braak (Canoco)
  • Programmes de Marc Dufrêne
  • Programmes par Alain Guénoche

    Résumé de Carrière

     Chercheur postdoctoral au Genetiska Institutionen, à Lunds Universitet, Suède, en 1971-72. Il est recruté par l'Université du Québec à Montréal en 1972, où il est d'abord Associé de recherche, puis Directeur de recherche au Centre de recherche en sciences de l'environnement, et finalement Professeur au Département de physique en 1980. En 1980, il devient Professeur agrégé au Département de sciences biologiques  de l'Université de Montréal, puis Professeur titulaire en 1984.

    • Lauréat du prix Michel-Jurdant 1986 (sciences de l'environnement) de l'Association canadienne-française pour l'avancement des sciences (ACFAS).
    • Boursier Killam du Conseil des Arts du Canada pour 1989-91
    • élu membre de la Société royale du Canada (Académie des sciences) en 1992.
    • Lauréat du Distinguished Statistical Ecologist Award décerné par le International Congress of Ecology en 1994 et de la médaille Romanowski (sciences de l'environnement) de la Société royale du Canada en 1995.
    • Prix Marie-Victorin du Gouvernement du Québec en 2005.
    • Officier de l'Ordre national du Québec en 2007
    • Lauréat du Prix 2011 d'excellence en enseignement, catégorie des professeurs titulaires, décerné par l'Université de Montréal
    • Lauréat du Prix 2011 d'excellence en enseignement, catégorie des professeurs du secteur sciences, décerné par la Faculté des Arts et des Sciences de l'Université de Montréal.

    CV de Pierre Legendre

    Mis-à-jour le Lundi 06 février 2012